Crkva Milosrdnih sestara Sv. Križa nalazi se u sklopu samostana, a sagrađena je 1908. godine u stilu francuskog kasnog baroka u obliku križa i blagoslovljena je 14. rujna iste godine. Zemljište za gradnju crkve kao i samostana darovao je sestrama biskup Josip Juraj Strossmayer koji je i pozvao sestre iz Švicarske u Đakovo.
Crkva je duga 37, široka 11, a visoka 17 metara. Ima četiri oltara – glavni i dva pokrajnja oltara, te oltar sv. Antuna na ulazu u crkvu. Oltari su drveni, a ukrašeni su pozlaćenim anđelima, cvijećem, lišćem i viticama. Crkva se ponosi i svojim zvonima koja navješćuju samostanske i crkvene svečanosti. Još jedno hvale vrijedno obilježje ove crkve su orgulje, postavljene 1942. godine, a imaju 3 manuala, 28 registara i pun pedal.
Crkva Presvetog Srca Isusova je i omiljeno svetište Đakovčana i vjernika iz okolnih mjesta. Od 1913. godine postala je glavno proštenište na blagdan sv. Antuna Padovanskog, 13. lipnja. Tada brojni hodočasnici ispune crkvu, a sv. mise se služe na njihovu nakanu. Sv. mise se na taj dan održavaju u 5:00, 6:30, 8:00, 9:30, 11:00 i u 17:30 sati. Blagoslov je djece u 16:00 sati, a ispovijed počinje u 4:30 sati.